Den faglige aktiviteten i programmet gjennomføres i nært samarbeid med Veterinærinstituttets spesialenheter innen patologi, bakteriologi, virologi, parasittologi, molekylærbiologi, immunologi, kjemi og epidemiologi, samt Veterinærinstituttets regionale enheter i Tromsø og Sandnes.
ViltHOP samarbeider med Norsk institutt for naturforskning (NINA) og andre nasjonale og internasjonale vitenskapelige institusjoner som har spesialkompetanse på aktuelle problemstillinger. Andre viktige samarbeidspartnere er Mattilsynet, Statens naturoppsyn (SNO), privatpraktiserende veterinærer, regional og kommunal viltforvaltning, viltoppsyn, grunneiere og jegere.
