Den første aktiviteten i prosjektet er å identifisere forekomst og genetisk lokalisering av antimikrobielle resistensgener (ARG) hos veterinære patogener. Det overordnede verktøyet for dette vil være helgenomsekvensering (WGS) og påfølgende bioinformatisk analyse, med særlig fokus på ARGs genetiske plassering i forhold til mobile genetiske elementer.
De fleste isolater og WGS-data som skal inkluderes i arbeidet, er allerede tilgjengelige gjennom pågående og avsluttede prosjekter, blant annet ved bruk av eksisterende datamateriale og i sammenheng med aktivitetene i de pågående PAHW-prosjektene. Likevel vil noe innsamling av isolater og ny WGS være nødvendig for å skaffe kunnskap som trengs for risikovurderingene og for å kunne gjøre sammenligninger mellom land.
I tillegg trengs data som viser hvilke faktorer som påvirker forekomsten, utvikling og spredning av antimikrobielt resistente patogener, som inkluderer bruk av antimikrobielle midler, desinfeksjonsmidler og metaller, samt gårds- og driftsfaktorer. Slike data finnes i varierende oppløsning i de ulike landene og det må derfor forventes at ekspertvurderinger med innsikt i produksjonspraksis i de respektive landene også vil bli benyttet i sammenligningen.
Prosjektet inkluderer også laboratoriebaserte studier for å undersøke dynamikk og risiko for horisontal genoverføring mellom bakterier, samt hvordan resistens bundet til mobile genetiske elementer vedlikeholdes og opprettholdes. Disse studiene vil gi kunnskap om hvilke overføringsmekanismer som er involvert, og hvor hyppig horisontal overføring av ARGs forekommer. Dette er et område hvor det per i dag finnes svært begrenset datagrunnlag, spesielt for veterinære patogener, men der informasjonen er helt nødvendig for å kunne vurdere spredningsrisiko. Flere av aktivitetene vil særlig fokusere på plasmidoverføring.
Videre vil in vitro-studiene undersøke hvilke faktorer som kan påvirke graden av horisontal genoverføring mellom bakterier, inkludert forhold som påvirker plasmidbæring, persistens og transmisjon.
Samlet sett vil dataene og kunnskapen som genereres i prosjektet være avgjørende for å øke forståelsen av hvordan antimikrobiell resistens sprer seg, og for å vurdere risikoen for spredning til og mellom veterinære patogener. Denne informasjonen er essensiell for å forstå risikoen for videre spredning og etablering av resistens i og mellom husdyrpopulasjoner, og dermed for å kunne utføre presise og pålitelige risikovurderinger.
Samarbeidspartnere
- Chair: Håkan Vigre, Danmarks Tekniske Universitet (DTU) (Danmark)
- Aarhus University (Danmark)
- AGES – Österreichische Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit GmbH (Österrike)
- ANSES – Agence nationale de la sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Frankrike)
- Copenhagen University / Københavns Universitet (Danmark)
- Danmarks Tekniske Universitet (DTU) (Danmark)
- Eesti Maaülikool (Estonian University of Life Sciences) (Estland)
- Friedrich-Loeffler-Institut – Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit (Tyskland)
- INIA-IRTA / Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries (IRTA) (Spanien)
- Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell’Abruzzo e del Molise “G. Caporale” – Teramo (Italien)
- Panstwowy Instytut Weterynaryjny – Państwowy Instytut Badawczy (Polen)
- Sciensano (Belgien)
- The Secretary of State for Environment, Food and Rural Affairs (DEFRA) (Storbritannien)
- Universidad de León (Spanien)
- Università degli Studi di Padova (Italien)
- Università degli Studi di Torino (Italien)
- Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) (Spanien)
- Universiteit Gent (Ghent University) (Belgien)
- Universiteit Utrecht (Utrecht University) (Nederländerna)
- University of Edinburgh (Storbritannien)
- University of Surrey (Storbritannien)
- Univerza v Ljubljani (University of Ljubljana) (Slovenien)
