Infeksiøs pankreasnekrose (IPN) er en alvorlig sykdom som hvert år fører til store tap for laksenæringen. Viruset som forårsaker sykdommen, IPN-virus, er svært utbredt i norsk oppdrett av laks og ørret. Viruset har stor vertsbredde og er påvist i mange ulike fiskearter i tillegg til i skjell og bløtdyr. Fisk som overlever en IPN-infeksjon blir ofte bærer av viruset, og slik fisk er en potensiell smittekilde for andre individer.

I sitt doktorgradsarbeid utført ved Veterinærinstituttet har Irene Ørpetveit studert molekylære mekanismer tidlig i en IPN-virusinfeksjon. Alle virus er avhengig av vertsceller for å formere seg. Kunnskap om hvordan et virus kommer seg inn i vertsceller kan gi bedre forståelse av sykdommen og vertsbredden i tillegg til å bidra i utvikling av bedre vaksiner og medisiner. Ørpetveit fant at IPN-viruset binder seg spesifikt til molekyler på overflaten av en rekke ulike celletyper. Dette indikerer at IPN-viruset benytter en opptaksmekanisme som aktiveres av et ytre signal, for eksempel ved at et virus binder seg til molekyler på overflaten.

Det er kjent at IPN-virus tas inn i cellene via vesikler, membranblærer, som så avsnøres fra cellemembranen. Irene Ørpetveit har studert disse vesiklene nærmere og funnet at IPN-viruset ikke er avhengig av lav pH mens opptaksprosessen pågår. Dette er et viktig trinn i identifiseringen av opptaksmekanismen som viruset benytter. Hun har også studert infeksjon av IPN-virus i antatt ikke-mottakelige celler, og resultatene herfra kan gi økt kunnskap både om opptaksmekanismer og vertsbredde.

Som et ledd i doktorgradsarbeidet ble en molekylærbiologisk metode utviklet, en såkalt real-time reverse trascription-polymerase chain reaction (real-time RT-PCR). I forbindelse med validering og optimalisering av denne metoden ble den sammenlignet med virusisolering i cellekultur, som er den tradisjonelle metoden for å påvise IPN-virus, i et større prosjekt.

Her ble blant annet distribusjonen av IPN-virus i ulike deler av laksenyre undersøkt. Resultatene viser at hodenyre og midtnyre inneholder omtrent like mye virus. Dette er gode nyheter for de som tar ut prøver til IPN-undersøkelse i felt, fordi prøveuttak fra hodenyre er mer tidkrevende enn fra midtnyre. Samtidig viste forsøkene at uttak fra halenyre bør unngås.

Effekten av ulike konserverings- og lagringsprosedyrer ble testet ut på parallelle hodenyreprøver. Prøver til IPN-virusundersøkelse konserveres vanligvis enten på modifisert cellekulturmedium (transportmedium) eller på RNAlater® som er et kommersielt RNA-stabiliserende middel. Ørpetveits arbeid viser hvordan noen metoder for konservering og lagring av nyreprøver fra bærerfisk kan ha direkte innvirkning på prøveresultatet ved å gi falske negative resultater.

Basert på resultatene anbefales det at prøver som tas ut på transportmedium må homogeniseres straks ved ankomst til laboratorium. All lagring må foregå ved minus 80 °C.

Nyrevev på RNAlater® kan kun analyseres ved hjelp av molekylærbiologiske metoder, som real-time RT-PCR. Nyrevev konserveres ikke bedre på RNAlater® enn på transportmedium, noe som indikerer at det kun er nødvendig å benytte dette middelet når det er stor sjanse for transportforsinkelse til laboratoriet.

Real-time RT-PCRen viser seg å være minst like sensitiv som tradisjonell virusisolering i cellekultur for påvisning av IPN-virus. Real-time RT-PCR er mye mindre tids- og kostnadskrevende. På sikt vil derfor real-time RT-PCRen implementeres til diagnostiske formål og benyttes i sammenheng med for eksempel stamfisk-undersøkelse og undersøkelse av yngel som er for liten for patologisk undersøkelse.