Helsetilsynet utføres dels av lokale fiskehelsebiologer og veterinærer, engasjert av Helsetjenesten, og dels av ansatte på Veterinærinstituttet. Etter gjennomført helsetilsyn rapporterer tilsynspersonellet tilbake til anleggene og til Helsetjenestens ledelse. Helsetjenestens ledelse følger opp lokalt fiskehelsepersonell med rådgivning, anleggsbesøk, vikartjenester og ved utvidet prøveuttak.

I enkelte anlegg som omfattes av Forskrift om beskyttelse av laksebestander ble det mot slutten av 2013 innført en ordning der en medhjelper, under veiledning og jevnlig kontroll av autorisert dyrehelsepersonell, utfører en andel av helsekontrollene.