Pan-genom analyse av Aeromonas salmonicida med fokus på genetiske determinanter for vertsspesifisitet

Vi ønsker å undersøke pan-genomet og populasjonsstrukturen til Aeromonas salmonicida, spesielt i relasjon til den observerte sammenhengen mellom A-lags type og fiskevertsart.

Lakselus er en av de viktigste truslene mot norsk lakseoppdrettsnæring, og ulike arter av rensefisk benyttes i utstrakt grad for biologisk kontroll av lakselus. Helsesituasjonen blant rensefisk i dag er imidlertid uholdbar, da bortimot all rensefisken i et anlegg dør i løpet av et lakseinnsett. Infeksjon med bakterien Aeromonas salmonicida representerer en av de viktigste tapsårsakene blant rensefisk i oppdrettsanlegg. Denne bakterien er kjent, på verdensbasis, for å gi sykdom i et stort antall fiskearter i både ferskvann og sjø. Historisk har imidlertid hovedfokus vært på stammer tilhørende sub-arten A. salmonicida subsp. salmonicida (også kjent som ‘typiske’ A. salmonicida), som primært infiserer laksefisk. Andre fiskearter, inkludert rensefisk, er mer utsatt for andre sub-arter/-typer av A. salmonicida (kollektivt beskrevet som ‘atypiske’ A. salmonicida), og denne meget mangfoldige gruppen er fremdeles svært dårlig beskrevet og systematisert. Dette har bl.a. vanskeliggjort vaksineutvikling og utførelse av etterprøvbare studier på ‘atypisk’ A. salmonicida.

En tidligere studie utført av oss fant at A. salmonicida (‘typiske’ og ‘atypiske’) kan inndeles i ulike sub-typer (A-lag typer), basert på sekvensering av genet som koder for et proteinlag (A-laget) som eksponeres på utsiden av bakteriecellen. Hver av de identifiserte A-lags typene virker videre å gi sykdom kun i noen få spesifikke fiskearter, og det er primært to slike A-lagstyper av A. salmonicida som påvises i rensefisk, både i Norge og på de britiske øyer. Ved å utvide spekteret av A-lagstypede A. salmonicida isolater ytterligere mtp. opphav (vert, geografi, tid) vil vi kunne gå videre med helgenomsekvensering (WGS) av et globalt dekkende utvalg isolater. Påfølgende bioinformatiske analyser vil da gi oss en god oversikt over populasjonsstrukturen til denne bakteriearten som helhet, og samtidig kunne legge til rette for en bedre forståelse av bakgrunnen for den tilsynelatende vertsspesifisiteten. Slik grunnleggende kunnskap vil kunne anvendes til optimalisering av tapsbegrensende tiltak mot A. salmonicida, både hos rensefisk og andre mottakelige fiskearter.

Prosjektleder

Snorre Gulla

Forskninginformasjon

Start
2016-09-01
Slutt
2019-08-30
Prosjektnummer
254848
Status
Pågående
Finansiering
NFR Prosjekter
Forskningsområder
Bakteriologi, Bioinformatikk, Fiskehelse, Molekylærbiologi

Forskere

Snorre Gulla

Researcher
Mobilnr: +47 40829338
E-post: snorre.gulla@vetinst.no

Duncan Colquhoun

Senior Forsker/ adjunct Professor
Mobilnr: +47 91179686
E-post: duncan.colquhoun@vetinst.no